Bis zum Schuljahr 02/03 führten die beiden Gemeinden Rain und Hildisrieden einen Teil der Sekundarschule eigenständig. Die Rainer Schülerinnen und Schüler besuchten die 3. Sekundarschule in Rothenburg. Die Hildisrieder Lernenden der Realschule und der 3. Sekundarschule wurden in Sempach unterrichtet.

Für das Schuljahr 02/03 wurden im Kanton Luzern für die Sekundarstufe neue Regelungen und Vorgaben definiert. Um die Bedingungen erfüllen zu können, wären sowohl Rain als auch Hildisrieden nicht mehr in der Lage gewesen, selbstständig die Sekundarstufe in der eigenen Gemeinde zu führen.

Die beiden Gemeinden erarbeiteten ein Konzept für die gemeinsame Führung der Sekundarschule und beantragten die Bildung eines gemeinsamen Sekundarschulkreises. Als Schulmodell kam nur eine Integrierte Sekundarschule (ISS) in Frage. Die kantonalen Behörden stimmten der Einführung einer gemeinsamen ISS Rain/Hildisrieden zu.

Seit dem Schuljahr 02/03 wird die ISS nun gemeinsam geführt. In den ersten Jahren erfolgte die strategische Führung durch ein „Koordinationsteam ISS“, bestehend aus Mitgliedern der beiden Schulpflegen und der Schulleitung. Seit dem Schuljahr 11/12 arbeiten die beiden Bildungskommissionen eng zusammen und bilden ein gemeinsames Gremium.